Dawson, amerikai paleontológus, furcsa paleozoikus (földtörténeti ókorból származó) fossziliákat (élő szervezetek megkövesedett maradványait) talált a Gaspé öböl partján (Quebec tartomány, Kanada). Mivel az általa 1859-ben leírt 2.13 m hosszú és 91 cm átmérőjű leletről azt gondolta, hogy az a tiszafával (Taxus) rokonságban álló korhadt fa, Prototaxites névre keresztelte (a Prototaxites nem többes számot, hanem egyes számot jelöl!). A Prototaxites 420-350 millió évvel ezelőtt, a geológiai késő szilur és devon földtörténeti korokban élő, 2-9 m magasra megnövő, 1 m átmérőjű, különleges, ágatlan fatörzsre emlékeztető, növényszerű lény, amely az egész akkori szárazföldet benépesítette.
Az akkori világ mai szemmel nézve nagyon különleges volt: a Prototaxites megjelenése előtt 40 millió évvel kezdtek az egyszerű edényes növények - a tűlevelű fák, páfrányok és mai virágos növények ősei - megjelenni a szárazföldön, de közülük a legmagasabbak is legfeljebb 1-2 méteresre nőttek. A szárazföld állatvilágát szárnyatlan rovarok, százlábúak és férgek képviselték, a gerincesek még nem léptek ki a tengerből a szárazföldre. Abban az időszakban a megnyúlt óriáskaktuszra, vagy még inkább egy kilövés előtt álló rakétára emlékeztető Prototaxites volt a legnagyobb ismert szárazföldi élőlény. A világ több múzeumában megtalálható Prototaxites leletek öt lelőhelyről származnak a világ különböző részeiről.
A Prototaxites mibenlétét illetően az elmúlt százötven évben sok vita folyt: eredetileg tűlevelű fának vélték, később zuzmónak, vörös, zöld vagy barna algának, gombának. Először 1919-ben vetették fel, hogy a Prototaxites a gombákkal mutat rokon vonásokat. Francis Hueber paleobiológus, aki alapos morfológiai vizsgálatokat végzett a Kanadában, Ausztráliában és Szaúd-Arábiában gyűjtött mintákon, azt találta, hogy a kövület belseje egymásba fonódott 5-50 mikron átmérőjű csövecskékből álló szövet. Ennek alapján 2001-ben megjelent cikkében azt állította, hogy a Prototaxites nem más, mint egy hatalmas gomba termőteste. Ez ellen a feltevés ellen szól az élőlény hatalmas mérete, valamint, hogy mindez ideig nem találtak sem spórákat sem spóraképző szerveket. Végül is a perdöntőnek tűnő bizonyítékot arra vonatkozóan, hogy a Prototaxites nem növény, hanem gomba, a Prototaxites példányok szénizotóp-analízise szolgáltatta. Ennek megértéséhez azonban egy rövid kitérőt kell tennünk a szénizotópok világába.
Egy elem, jelen esetben a szén, izotópjainak atommagjai ugyanannyi számú protont tartalmaznak, azonban a neutronok száma különböző. Így a szén 12C izotópjának atommagja hat protont és hat neutront, míg a 13C izotópjáé hat protont és hét neutront tartalmaz. (A természetben előforduló szénben mintegy 1% 13C izotóp található.) A növények a fotószintézis során előnyben részesítik a 12C izotópot, ami azt jelenti, hogy a növény ily módon előállított szerves anyagában a 12C/13C arány nagyobb (91:1) lesz, mint a levegő szén-dioxidjában (89:1). Egy adott típusú növényben a 12C/13C arány nagyjából ugyanakkora, mint egy másik helyről származó, de ugyanolyan típusú növényben. A gombák esetében azonban a 12C/13C arány változik attól függően, hogy milyen a táplálék szénizotóp-összetétele, amivel táplálkoznak.
Boyce és munkatársai meghatározták a 12C/13C arányt a különböző lelőhelyekről származó Prototaxites fossziliákban, valamint az abban az időben velük együtt élő edényes növényekből származó szénmintákban. Azt észlelték, hogy a vizsgált Prototaxites minták 12C/13C aránya sokkal szélesebb tartományban változik, mint a növényeké, ami arra utal, hogy a Prototaxites a benne lévő szerves vegyületeket nem a levegő szén-dioxidjából állítja elő, hanem különböző 13C tartalmú szubsztrátumokból nyeri. Ez Hueber morfológiai vizsgálatainak eredményeivel együtt azt valószínűsíti, hogy a Prototaxites nem növény, hanem gomba. A szénizotóp-analízis alapján arra lehetett következtetni, hogy a Prototaxites táplálékául egyrészt elhalt szárazföldi növények, másrészt cianobaktériumok által uralt mikrobás-talajrétegek szolgálnak.
Arra a kérdésre, hogy a gomba miért nőtt olyan hatalmasra, az egyik lehetséges válasz az lehet, hogy így könnyebben eljuttathatta spóráit nagyobb távolságokra. A hosszú ideig tartó lassú növekedést a viszonylag egyszerű ökoszisztéma is elősegítette, továbbá az is, hogy a növényevő állatok még nem fejlődtek ki. A Prototaxites faj 350 millió évvel ezelőtti kihalásáért feltehetőleg a ragadozó gombaevő állatok megjelenése tehető felelőssé.
A Prototaxites találóan a dinoszauruszok gomba-megfelelőjének tekinthető: egy hatalmas, kihalt élőlény, amely 420-350 millió évvel ezelőtt a Földet uralta.